内镜中心原胃肠镜室，成立于1996年，历任主任分别是李国昌、司毅、张立新同志，仅有设备胃镜、肠镜各一条。2019年搬迁新院区，改名为内镜中心，总面积1300多平方米，是集内镜下诊断、治疗、科研、教学为一体的综合性科室。科室由8名护理人员组成，护士长宋薇，其中副主任护师1名、主管护师4名、护师1名、护士2名。

　　内镜中心有胃镜检查室3间、肠镜检查室2间，气管镜诊疗室、乳管镜诊疗室、口腔诊疗室、膀胱镜检查室、碎石室和宫腔镜室等15间诊疗室，以及配有麻醉准备室和麻醉复苏室。内镜中心拥有Olympus260内镜系统4条、Olympus290内镜系统4条，其他各种内镜30余条。同时中心拥有先进的人工清洗系统4套，全自动洗消机3台，率先实现内镜清洗使用全过程追溯，达到国际先进的水平。目前配合开展成人消化内镜、成人支气管镜、小儿消化内镜、小儿支气管镜、乳管镜、宫腔镜、口腔舒适化治疗、膀胱镜、碎石等治疗，特别是近年来开展的消化道ESD手术（内镜下黏膜剥离术），在全市处于领先水平。